El trabajo académico del colegio está organizado en tres niveles de atención:
Primaria
Se trabaja con el sistema de enseñanza personalizada basado en los principios educativos de Pierre Faure, cuya finalidad es que el aprendizaje se ajuste a las fortalezas, necesidades, habilidades e intereses de cada estudiante.
Comprende el último año de preescolar (preparatoria) más los seis primeros años de enseñanza básica, en jornada de 7:15 a.m. a 12:30 p.m.
Además, los niños/as reciben clases de formación cristiana, inglés, deportes, música, artes manuales, expresión corporal y ajedrez.
Tercer Ciclo y Bachillerato
Comprende los últimos tres grados de la educación básica (Séptimo, Octavo y Noveno) en jornada de 7:00 a.m. a 12:30 p.m., más los dos años de Bachillerato en jornada de 7:00 a.m. a 4:15 p.m.
Se trabaja desde la fundamentación constructivista y apoyados en el Paradigma Pedagógico Ignaciano, con metodologías que fomenten la creatividad la creatividad, la investigación mediante el uso de laboratorios, la investigación documental o testimonial, la construcción propia y grupal del pensamiento, la vinculación del conocimiento con la realidad, se promueven no sólo las habilidades cognitivas sino también las emocionales y grupales.
Además de las áreas explícitamente académicas del currículo básico, los/las estudiantes reciben educación física, formación cristiana, computación y técnicas de estudio.
Turno Vespertino
El Turno Vespertino atiende estudiantes desde 4º hasta 9º grado, con una jornada escolar de 1:00 a 6:15 p.m.
Para dar oportunidad a familias de escasos recursos económicos de que sus hijos e hijas puedan estudiar en el Colegio Externado de San José, existe un programa de cuotas diferenciadas en el turno vespertino.
Es importante aclarar que no todos los/las estudiantes del turno vespertino tienen derecho a una cuota menor que la normal. Ésta sólo se aplica a las familias que, tras presentar la respectiva documentación y someterse a un estudio socioeconómico que realiza el Colegio, califican para el programa por ser de escasos recursos económicos.