El colegio Externado “San José” fue fundado por la Compañía de Jesús en San Salvador, en 1921. En el Seminario, dirigido por los jesuitas, situado en el centro de San Salvador, contiguo a la Iglesia San José (desaparecida ya por un voraz incendio), se formaban los jóvenes con aspiraciones sacerdotales.
Un grupo de padres y madres de familia propuso a los jesuitas la idea de admitir alumnos que, sin pensar en el sacerdocio, pudieran cursar su bachillerato en el seminario. Aceptada la idea, a diferencia de los seminaristas, que eran internos, estos nuevos alumnos eran llamados «los externos». En las mismas instalaciones comenzaron a estudiar los jóvenes del internado y los del externado.
Cuando, años más tarde, los seminaristas pasaron a vivir al recién construido Seminario San José de la Montaña, en los antiguos locales sólo se quedaron estudiando los alumnos del externado. De allí procede el nombre del Colegio: Externado de San José.