El Colegio Externado "San José" cuenta con una de las bibliotecas más completas del país, no sólo tomando como referencia el nivel de las instituciones educativas de educación primaria, básica y media, sino a nivel general.
En ella, hay dos salas de estudio: una grupal, en donde pueden trabajar alrededor de 90 personas simultáneamente, y una individual, que puede albergar a la vez a 25 lectores.

Los libros están organizados bajo el sistema de clasificación decimal Dewey y la estantería es cerrada, únicamente pueden accesar a ella el personal bibliotecario y los maestros y maestras de la institución.
La búsqueda del material puede realizarse en los ficheros tradicionales, o bien, directamente en las bases de datos computarizadas, a través de varias terminales colocadas en puntos estratégicos de las instalaciones.

El acervo bibliográfico está constituido por aproximadamente 25,000 volúmenes, distribuidos en las siguientes colecciones:
- Colección general, con temáticas de todo tipo.
- Colección nacional, constituida por todo aquel material bibliográfico editado en el país o en el extranjero, cuyo contenido tenga que ver con El Salvador.
- Colección de referencia, material de consulta rápida, sólo para uso interno (diccionarios, enciclopedias, almanaques, anuarios, etc.).
- Colección infantil, con todo todo tipo de literatura encaminada a formar y enriquecer el hábito de la lectura en nuestros niños y niñas.
- Colección de libros antiguos, editados en el siglo XIX, con material relativo a nuestro país y centroamérica.
- Hemeroteca, varias colecciones de revistas y trabajos de investigación.
- Colección audiovisual, constituida por más de 500 videos, además de casetes, CD-ROM, discos flexibles, filminas, acetatos, etc. Todos los recursos de esta colección cuentan, para su uso, con los aparatos necesarios.
- Mapoteca, formada por un promedio de 75 mapas y láminas sobre diversos temas.
- Archivo vertical, que contiene recortes de periódico con información relativa a temas de interés nacional.
Además, se cuenta con computadoras con acceso a internet, mismas que están a disposición de alumnos y alumnas de la institución, así como maestros y maestras, para que realicen búsquedas e investigaciones relacionadas con su quehacer académico.
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